1977年1月13日，叶企孙在医院因抢救无效，平静辞世，终年79岁。
按有关方面要求，叶企孙逝世的消息，所有报刊均不予刊登。即使是今天，若查阅叶企孙的生平，也只寥寥几字而已：“叶企孙（1898年7月16日-1977年1月13日），男，汉族，物理学家，教育家，上海人。”
即使是这样几个字的评价，也已是社会进步的结果。
因为叶企孙原本是被社会抛弃的人，遗忘是这个时代对他的馈赠。
但是，叶企孙无怨无悔。他以自己一生的实践，证明了科学救国在中国取得成功的可能性。在完全忘掉生死荣辱的情况下，科学救国的思想会放射出奇异的绚丽光华。这条道路是漫长的。以尖端科学中的标志性成果原子弹爆炸成功和卫星上天为例，其主创人员王淦昌、邓稼先、姚桐斌、钱三强、郭永怀、于敏、王大珩、王希季、程开甲、彭桓武等23位“两弹一星”功臣，他们大部分都是叶企孙的弟子。从叶企孙1925年开创清华物理系培养科技人才始，到1964年10月16日14时59分40秒我国第一颗原子弹爆炸成功，1970年4月24日21时35分“东方红1号”卫星上天，其间共走过45年历程。1986年叶企孙逝世9年之后，由他的弟子王大珩、王淦昌、陈芳允、杨嘉墀联名上书党中央提出《关于跟踪世界战略性高技术发展的建议》，受到邓小平的高度重视，这就是我国著名“863计划”，它对我国的生物、航天、信息、自动化、新材料、能源、激光等高技术领域跟踪世界先进水平，缩短同发达国家之间的差距发挥了重大作用。目前，我国直接从事“863计划”的科学家已达两万人，一大批青年科学家也从中脱颖而出，它标志着我国在高科技领域拥有了相当可观的后备力量……叶企孙先生终于借助自己的学生完成了他科学救国的夙愿。特别是党的十一届三中全会之后，从邓小平提出的“科学技术是第一生产力”到当下党中央提出的“科学发展观”，在我国这棵科学大树生长的每圈年轮里，都会发现叶企孙和他的弟子们在其中发挥的重大作用。从叶企孙当年的希冀到今天愿望的蔚然达成，从完成时间上计算，真可谓百年大业，称得上是一个世纪的接力长跑。“科学救国”的实现，不是靠个人的单打独斗，而是有赖于一个前仆后继的集体。这个集体排斥个人化，私人化，这个集体里的成员血管里始终流淌着沸腾的血。他们目光远大，能穿透一个世纪的迷雾，目标一旦确定就坚定不移。他们吃苦耐劳，勇于接受命运的挑战，艰辛备尝却无怨无悔。他们从不知奢华为何物，视富贵如浮云，粪土人间万户侯。他们以国家民族利益为终极服务目标，除此之外别无所求……叶企孙先生是他们中的优秀代表。
叶企孙的伟大之处就在于，他为我们贡献了一套完整的科学救国的思路和方法。记得毛泽东说过，取得革命政权只是万里长征走完了第一步，这就是说，取得革命政权并不是革命的全部，它只是一个阶段目标的达成。而以后的路程则更长，还包括建设一个新国家，包括实现“四个现代化”强国，包括使其“自立于世界民族之林”等等。这需要一个相当长的历史时段，也是一项辉煌壮丽的事业。正是由于叶企孙的远见卓识，一支科技新军在他的麾下雪藏多年，直到革命政权尘埃落定，新中国进入全面建设时期，这个团队才尽数登场展露才华。而正是这股科技力量的介入，中国才真正改写了自己的历史……
有人说，叶企孙是一条大河，一条流淌着纯净人性又澎湃着激情热血的大河，一条默默滋润万物而又丝毫不图索取的大河。他的一生平静而不乏传奇，雄浑而不失旖旎。他在风刀霜剑中走完了自己的人生，并且无怨无悔！面对自己79年走过的路，他是平静的；面对自己无比热爱的中华民族，他是无愧的。
1977年1月19日，八宝山公墓举行了叶企孙先生追悼会，由于历史的原因，在那个小规模的追悼会上，悼词只字未提叶企孙在我国科学事业和高科技人才培养方面的巨大贡献，更未洗刷叶企孙先生生前所蒙受的屈辱，作为叶企孙挚友的吴有训先生愤而退场，以示抗议。
一代大师，乘风而去，阴阳两隔，黯然神伤。1977年11月30日，吴有训因动脉血管瘤突然破裂猝然去世，遥追他的挚友而去！
有人说，那些堪称大师的人，才是中国真正的知识分子。知识分子这个称谓，在中国仅有不到百年的历史。前人不可追，后人不堪说。叶企孙——一位真正的知识分子，也是中国最后一位大师，一位我们知道得最晚、被时代抛弃得最远的大师。