令人望而生畏的形象塑造、铺天盖地的广告轰炸、充满狂热的人海战术，在某种程度上造就了三株神话，在所有的对手都还没有来得及反应过来的时候，三株已跃然而上，在华山之巅傲视群雄了。
然而很快，这些造就了三株神话的奇功异技，其内含的种种毒素也在渐渐地散发出来。
早在1994年，国内一些城市的工商行政管理部门就开始注意到了三株广告的不规范性。在三株的广告中经常出现一些擅自引用专家言语、夸大功效及诋毁同行的词汇。这年5月，中国科学院上海生物工程研究中心的一位叫尹光琳的研究员在《新民晚报》刊登声明，指称三株在《三株广场》宣传册子中刊发的以其署名的《三株——人类微生态平衡的飞跃革命》一文属冒名作品。
1995年5月，广东省卫生厅专门发出了《关于吊销三株口服液药品广告批准文号的通知》，该通知称，“济南三株保健品厂在《珠江经济信息报》上刊登的药品广告，超越了《药品广告审批表》审批的内容，出现获奖内容，擅自增加‘防治肿瘤’、‘有效预防和辅助治疗肝炎、肝硬化’……从即日起吊销三株口服液的药品广告批准文号，暂停在我省做任何形式的广告宣传”（根据粤卫药政〔1995〕30号）。
应该说，这是一份十分严厉、在某种程度上等于宣判了三株口服液在广东省“死刑”的通知。尽管事后经过三株各方面的活动，三株口服液仍然得以在广东销售，此事也没有被媒体曝光放大，可是，危机的导火线无疑已露出了狰狞的端倪。当时，三株口服液已经取得了相当好的市场业绩，而其营销队伍也开始庞大起来，一些地方的营销人员为了扩大产品的消费面，便擅自夸大三株口服液的功效，凡是常见病、急性病等等，都拿来跟三株口服液挂上钩，终而把本来对肠道清洁有一定功效的产品夸大成包治百病的灵丹妙药。在一则广告宣传单中，甚至宣称三株口服液可以治疗“老年糖尿病、胃癌、直肠癌、食道癌、胰腺癌、白血病、风湿性心脏病、高血压”等40多种疾病，并出现了“有病治病，没病防病，无病保健”等充满江湖气息的字眼。
到了这年的9月，《杭州日报》记者潘宪发表《济南三株公司屡屡发布虚假广告 三株杭州撞克星》一文，国内先后有近10家报纸进行了转载，引发出一起全国性的新闻事件。据这篇新闻稿报道，当年8月15日，三株在杭州地区的《富阳报》刊登广告，宣称三株口服液可以治疗霍乱病，而当时该城市正受到急性肠道传染病的困扰。三株的广告一出，马上引起杭州市的高度紧张，工商行政管理部门、卫生部门当即进行了查处。潘宪还在这篇新闻中披露三株公司曾经有过盗用《开发时报》刊名、在广东及河南等省份遭到查处的事实。
此文在国内各媒体发表后，山东三株公司当即以诋毁罪名把潘宪告到了法庭。有意思的是，其状告的理由不是因为新闻稿严重失实，而是因为潘宪在新闻中一再提及“山东三株”，而三株公司认为在杭州发布广告的是具有独立法人资格的“杭州三株公司”。这是吴炳新考虑得比较“超前”的一个策略：三株在各地设立分公司时均将其注册为具有独立法人资格的有限责任公司，这样各家分公司在各地的所作所为便在法律意义上与“济南三株”没有任何关系，而传媒则很难预想到这一点，因此往往会陷入被告的境地。
这样的辩驳，在法律上可能有一定的依据，然而在情理层面上毕竟十分脆弱。最终，潘宪与济南三株的官司拖了将近1年，以淡化和解了事。