1994年8月，以吴炳新为首的济南大陆拓销公司和其子吴思伟的南京克立科工贸有限公司合并，成立了济南三株实业有限公司，三株口服液同时宣告研制成功。
1994年，三株第一年的销售额即达到1.25亿元。
1995年，三株利用其四级营销体系挺进农村市场。同年，三株在《人民日报》上刊出了第一个“五年规划”，吴炳新提出的目标是：1995年达到16亿元—20亿元，1996年达到100亿元，1997年达到300亿元，1998年达到600亿元，1999年争取900亿元。
1995年5月，三株口服液因在《珠江经济信息报》上刊登的药品广告超越了《药品广告审批表》中审批的内容，而被广东省卫生厅吊销了三株口服液的药品广告批准文号，暂停在广东省的广告宣传。
1996年，三株公司的销售额达到了80亿元，而农村市场的销售额占到了三株总销售额的60％。在鼎盛时期，三株在全国所有大城市、省会城市和绝大部分地级市注册了600个子公司，在县、乡、镇有2000个办事处，各级行销人员总数超过了15万，与此相应的是，公司内部部门林立，层次繁多。
1997年上半年开始，三株公司开始向医疗、精细化工、生物工程、材料工程、物理电子及化妆品等行业发展，一口气吞下20多家制药厂，投资资金超过5亿元。
1997年，三株的全国销售额比上年锐减10个亿。吴炳新在年终大会上痛陈三株“15大失误”，首次把三株危机曝光于天下。
1998年3月，湖南省常德市中级人民法院在一消费者诉三株公司的案件中，一审判决三株公司败诉，要求三株公司向原告赔偿29.8万元。此事有20多家媒体进行了密集的报道，其标题均为《八瓶三株口服液喝死一条老汉》。
1998年4月下旬开始，三株的全国销售额急剧下滑，从4月到7月全部亏损，生产三株口服液的两个工厂全面停产。
1998年5月，社会上传言，三株已向有关方面申请破产，由于欠下巨额贷款，其申请最终未被批准，吴炳新否认这一传闻。
1999年，常德事件二审三株胜诉。但此时，三株的200多个子公司已经停业，几乎所有的工作站和办事处全部关闭。
2000年，三株企业网站消失，全国销售近乎停止。