然而，谁也没能料到，朱元璋对家乡的特殊关爱，最终却给家乡造成了难以承受的恶果。
凤阳的环境，在历代人口压力之下，早已长期恶化。朱元璋的大移民，一时虽给农业提供了充足的劳动力，但如此巨量的移民一下子涌入，却给环境造成了极大的破坏。
当时凤阳的土地，最好的部分已经被勋贵圈占，凤阳本地人又占据了中等土地，移民们所获，多是人们挑剩的低产土地。《凤阳新书》卷七说：
“田上则者，归之军，归之功勋矣。中则者，土民括其一，佃户括其一，惟留下则处瘠，乃得以实编民之耕。”卷五又载，移民所获“皆山岗硗确，土石伴错，溪谷流水无有，山林薮泽无存”之地。
没有好地，山地附近的新来移民就上山毁林开荒，对山地的肆意开垦，很快造成了明显的水土流失，挟沙而下的水流，加剧了淮河流域水系生态环境的恶化。
湖边的移民开始围湖垦田。涸湖为田表面上看增加了耕地，在短期内缓解了人地压力，实则使水利蓄泄失宜，破坏了当地生态的自我循环。
除此之外，凤阳一系列重大工程，又开采了附近山区的大量山林，使许多山变成了童山秃岭。
最要命的是，为了保护祖陵风水，人们进一步破坏了当地生态循环。
位于洪泽湖畔的泗州是明祖陵所在地。朱元璋的祖父朱初一埋在这里。
由于害怕洪水淹没祖陵，导致“王气中泄”，所以自明中期淮患日益严重之后，明政府定下了这样的治水策略：“首虑祖陵，次虑运道，再虑民生。”
也就是第一是祖陵，第二要保证向北京运送粮食的航道，最后才是老百姓：
“淮域较运道，则运道重。以运道较祖陵，则祖陵尤重。”（《朱元璋与凤阳》）于是明政府经常不顾民生而决高家堰放水，人为降低洪泽湖水位以护陵。这一措施虽然暂时减轻淮河对祖陵的威胁，但使得河道极为混乱，给周边生态环境造成了极其深远的影响。
有明一朝，凤阳周围渐渐变成童山秃岭，森林损毁殆尽，湖泊淤塞，淮河则经常泛滥，水患频仍，两岸百姓民不聊生，“地力既尽，元气日销，天灾流行，人事屡变”（甘山修《霍山县志》卷十三）。凤阳由此十年更有九年荒。“雨三日则沛泽，极目垮洼，泥淖不可耕耘。稍亢阳又为焦土。”
（汪旎修《重修蒙城县志书》卷十一）据《凤阳新书》记载，自万历十七年至泰昌二年（公元年），凤阳共发生旱涝灾害6次，平均五年多一次（《凤阳新书》卷四）。
这只是灾害影响较大的。如果算上一般的灾害，则“凤阳十年九荒，非旱则雨”（《凤阳新书》卷四），至明末更是“十余年来无岁不灾，无灾不重”（《凤阳新书》卷四）。
当初朱元璋强制迁来的移民的后代，在一次次灾荒中不断逃亡他乡。
比如景泰三年（公元1452年），凤阳府等处发生涝灾，“田禾无收，积年在彼逃民，俱各转徙，赴济宁、临清各处趁食，动以万计”（《明英宗实录》卷二二四）。
成化八年（公元1472年），“江淮南北，民多流亡”（《明宪宗实录》卷一一一）。凤阳的人口，在明中期以后迅速减少。据《凤阳新书》记载，该县“洪武之初，编民十有四万也。自时厥后，旧志尚在丁口四万七千八百五十余口，万历六年，则仅存一万三千八百九十四口”（《凤阳新书》卷四，《赋役篇第二》）。
剩下的人，也无法正常定居，许多人渐渐以乞讨为职业。他们“群趋于惰，兼之水旱频仍，中人荡产，且乏兼岁之储。一遇灾荒，辄膏子女、弃故土而适他乡者，比比皆是”（雍正《怀远县志》卷一）。因此形成的“凤阳花鼓”，随着这些逃荒者的足迹，传遍了大江南北而闻名全国。明末清初的魏裔介，曾在一首《秧歌行》里描写说：
凤阳妇女唱秧歌，年年正月渡黄河。北风吹雪沙扑面，冬冬腰鼓自婆娑。衣衫褴褛帕在首，自言出门日已久。前年寿州无雨泽，今年泗州决河口……我唱秧歌度歉年，完却官租还种田。南来北往如飞燕，如此艰辛实可怜凤阳农业经济因此告别一时的繁荣，重现萧条衰落之状。本来经过朱元璋的大力经营，凤阳府土地数量一度达到了40万顷。至明代中期的弘治十五年（公元1502年），该府的耕地面积却回落到仅有61263顷（《明会典》卷一七，《户部·川土》）。从洪武二十六年（公元1393年）至弘治十五年不足150年的时间，凤阳府的耕地面积竟减少了30多万顷。“凤、淮土广人稀，加以水灾，民半逃亡，二千里皆成草莽。”（《明神宗实录》卷五八）曾任庐州知府和吏部尚书的张瀚对淮河流域的土地荒芜之状有过细致的记述，在经过凤阳一带时，他亲眼目睹了那里的荒芜萧条之状。
尝往来淮、凤，一望皆红寥白茅，大抵多不耕之地。间有耕者，又苦天泽不时，非旱即涝，盖雨多则横涝弥漫，无处归束；无雨则任其焦萎，救济无资，饥馑频仍，窘迫流徙，地广人稀，坐此故也。（张瀚《松窗梦语》卷四，《三农纪》）直到今天，淮河流域的大部分地区经济发展既不及苏南富裕发达，也不如鲁中的蓬勃兴旺，同为沿海开发地区，差异如此之大，其中一个重要的原因正是由于当地生态环境在明代遭到了严重破坏。朱元璋当初做梦也想不到，他的一片好心，会造成这样的后果。