漆川梁海战结束以后，日军彻底没有了后顾之忧，开始对朝鲜正式展开大规模的攻击。
在壬辰战争初期，日军采取的是闪电战策略，兵分三路从庆尚道急袭汉城，再沿开城、平壤一线挺进，其基本策略是攻敌不备，捣其要害。这个策略，是建筑在朝鲜文恬武嬉全无警惕、宗主国大明漠不关心的基础上。
而丁酉再乱的时候，朝鲜已完成了战时动员体制，无论国内时局如何不堪，至少在战略上已经严阵以待；而此时大明也对朝鲜半岛这场战争的严重性做出了充分估计，明确了援朝策略。日军不可能再采取大踏步前进的闪击战战略，他们必须有所改变。
日军这一次进攻的编制仍旧是八个军团，分成加藤（1）、小西（2、）黑田（3）、锅岛（4）、岛津（5）、蜂须贺（7）六个主力军团，宇喜多秀家和毛利秀元的一个后备军团（8）——不过这个军团的兵力最多，高达四万人——外加长曾我部的一个水军军团（6）。
在这两个军团之上，还有七名御检使，分别是太田一吉、福原直高、竹中重利、垣见一直、毛利高政、早。川长政、熊谷直盛。秀吉把壬辰战争期间以三奉行为核心的监军团整个儿换了一遍，一方面是石田等人被小西行长和沈惟敬连累，秀吉不愿意让他们继续在朝鲜呆着；另外一方面也表明秀吉认为设置长老团这个举措意义不大，只会帮倒忙，所以这一次只选派了七个资历和影响力都偏弱的七个人，在名义上予以协助，决策权下放给了军团。
不得不说，秀吉虽然为人狂悖，治人的手段还是有的。这一处组织机构的变动，对此后的战事起到了相当大的影响。
在战略上日军不再是三路齐进，而是两路并发——哪两路呢？
一左一右。
右路军的总指挥是秀吉的侄子小早川秀秋，他的麾下配置了第一、第三一部（只含黑田本队）、第四、第六以及第八军团的半数，总兵力高达六万五千人。
左路军的总指挥仍旧是宇喜多秀家、麾下配置了第二、第三一部（含毛利吉成、高桥元种队）、第五、第七以及第八军团半数，总兵力为五万人。
根据日军的战略，在第一阶段，右路军将从右路发起佯攻，迫使明、朝联军把注意力放在庆尚道方向，然后左路迅猛出击，全力攻克南原，把全罗道一分为二，然后左、右两路军会师于全州，彻底控制全罗道。
如果能占领整个全罗道，不仅可以彻底解除朝鲜水军的威胁，而且还能让日军水军进入黄海提供补给作业，效率大增。如此一来，日军便可以以全州为基地，无后顾之忧地进攻忠清道与汉城。
不得不说，李舜臣给日本人带来的阴影实在太大了。壬辰战争的败因之一，正是因为日本人没有占领全罗道，导致李舜臣的水军对补给造成威胁，进而丧失了战略主动权。所以，这一次不由得他们不重视。
而此时明、朝联军的状况是如何呢？
在和谈期间，大部分明军陆续撤走回国。截止到丁酉开战之前，留在朝鲜境内的明军不超过一万人。
而远在国内的明军主力，仍旧在慢吞吞地集结中。这倒不怪邢玠，而是要怪他的前任孙矿。孙矿担任经略本来就是一个临时性任命，加上自身能力也不怎么样，到四月份离职之前，他才动员了一万九千名明军，还不及宋应昌在同样时间内筹集兵力的三分之一。
邢玠接过这个烂摊子之后，劳心劳力，截止到六月底，使动员明军总数达到三万八千人。而在同一时期，宋应昌达到的数字是七万。两下一对比，便可知道宋应昌花费了多少心血。而且明军这三万多人是陆陆续续抵达朝鲜，比如解生所部已跟随麻贵到了开城，李如梅的骑兵才在辽东刚刚挪窝。
当然，邢玠也并非什么都没做。他除了调派陆军之外，还做了一个非常关键的决策：水师入朝。当时明军在朝鲜只有浙江水师三千人，而且担负的是从山东向朝鲜运输粮草任务。邢玠从福建、南直隶、吴淞等处又抽调了两千多水师，开着战船北上赴援。这说明邢玠已经意识到制海权的重要性，在后期的海上大战打下了物质基础。
邢玠之所以这么热心调拨水军，与他的反击计划密不可分。
对于即将爆发的战争，明军也制订了针锋相对的计划。总兵麻贵建议先发制人，偷袭釜山擒拿小西行长，逼走加藤清正。可很快他们发现这个计划行不通，无论是打釜山还是蔚山，都必须要把日本水军调开，才能放手一打。因此邢玠建议，杨元和吴惟忠分别驻守南原和忠州，镇守全罗、庆尚二道，麻贵留在汉城居中调度，朝鲜军驻留二道中间的宜宁。等到明军水师一到位，便和朝鲜水师一东一西同时袭扰日本水师，陆军则向釜山、机张两路进发，把日本赶下海。
按照这个构想，杨元的三千辽东军驻守南原，游击陈愚衷的两千人驻守全州，还有吴惟忠的一部分南军驻在忠州。另外还有朝鲜军的主力权僳、郭再佑、金应瑞、李元翼等部驻守在云峰、黄石、昌宁和星州等地。呈现出东明西朝的态势。而麻贵带领的主力明军，将沿着朝鲜西部南下，兵锋直指庆尚北道。
结果邢玠千算万算，没算到元均这个废物。漆川梁海战一夜之间，朝鲜水师全军覆没，邢玠的水路并进之计遂无疾而终。
元均的无能不光拖累了自己，还拖累了明军。因为明军这个计划的主攻方向是庆尚道，而日军的主攻却是在兵力相对空虚的全罗道。朝鲜水师的溃灭，让联军在全罗道登时陷入孤立的窘境。
还没等联军调整防御策略，大规模战斗便爆发了。
右路军一开始摆出的架势，是把主攻方向放在了密阳，大邱。他们一马当先，兵分两路。一路虚兵进攻宜宁、三嘉，沿着洛东江而上，摆出剑指星州的架势，还试探着进攻了附近的重镇高灵。在这里日军遭遇了守军的殊死抵抗。守将郑起龙让全军都穿上红衣，冒充是明军南兵部队，设伏于高灵附近的山中，等日军一接近，立刻大起伏杀。日军对南兵有心理障碍，一看周围伏兵都是红衣，吓得转身就跑。不过这一路本来也是佯攻，既然攻不下高灵，也没有继续纠缠，转头从陕川奔向安义而去。
而另外一路先锋加藤清正，先逼至昌宁。郭再佑知道寡不敌众，遂闭门死守。郭再佑还给部下壮胆，说这里形势险峻，日本人也懂兵法，不会轻易进攻的。过了一夜平安无事，第二天郭再佑派人去打探，发现日本人都撤了；再继续打探，才发现日军非但没撤，反而掉头朝着咸阳、长水而去，很快攻克了位于咸阳北侧的枢纽要道黄石城。
无论是从陕川走安义、居昌，还是从晋州走咸阳，最终都要通过黄石城，才能踏上前往全罗首府全州的大道。所以从一开始，右路军所瞄准的目标就只有黄石城。他们先虚晃两枪，让朝鲜军对日军战略意图造成误判，龟缩到星州和昌宁两处，然后两路主力这才赶到黄石城会师，从天川、镇安一线杀气腾腾地奔全州而去。
攻取黄石城还有一个重要意义，即从侧翼威胁全州，使全州的陈愚衷所部明军不敢赴援南原。这也是日军根据沈惟敬透露的情报而制定的计划——可见沈惟敬在临被捕前的拼死一搏给明军造成了多大的被动。
就在右路军成功甩开朝鲜主力的同时，左路日军与联军在南原爆发了激烈的战斗。
南原位于全罗南道中部，地理位置极其重要。只要控制了南原，北可上全州，南可扼顺天，西可占光州，进退自如，相当于全罗道的十字路口。日军如果想占领整个全罗道，南原必须要捏在手里。
早在五月份的时候，杨元便派了部下李新芳率领两千辽东军进驻了南原。到了六月十三日邢玠的战略布局成熟以后，杨元亲自带了一千人前往，使总兵力达到了三千人。
八月初七，作为左路军先锋的岛津义弘军抵达了求礼，踏入南原境内。杨元一方面命令朝鲜兵使李福男、助防将金敬老等人集结附近驻留朝军，一方面派遣斥候去元川附近刺探敌情。
次日斥候回报，敌势极其浩大，而且更糟糕的是，居昌、三嘉附近也相继传来右路军大举进袭的情报，这让杨元异常紧张。他手里只有三千辽东军马加上一百多家丁，算上朝鲜军也不过六千左右，再算上全州两千明军，也不过八千人。而这次大举进攻的日军，少说也有五万多人。
面对这种压力，杨元没得选择，只能死守。他以辽东军为主力，在城头四面布置了八百人，墙下一千两百人，还有一千人的预备队。朝鲜军也是按照这个比例分配，杨元还让麾下的亲信家丁混编入朝军队伍中，希望能够藉此提升他们的战斗力。
他早在六月驻留南原的时候，就派人增筑了城墙，还在羊马墙增设了不少射击孔，城门安了三门大炮，四周挖深壕沟，摆出坚守的架势。明军之前在这里有过驻军，做过修缮，虽荒弃日久，但总比没有强。
但杨元知道，这些只能延缓沦陷，无法退敌。唯一的指望，就是大将军麻贵能够及时识破日军的主攻方向，尽快来援。当初麻贵在规划战略的时候，有过明确指示：“脱有缓急。南原告全州，全州告公州，公州告京城，次第驰援。”按照这个规定，杨元已经派遣了急使前往全州通知陈愚衷。
他万万没想到，陈愚衷不知哪根弦搭错了，压根没继续上报。
从八月九日到八月十三日，这大概是杨元最难熬的五天。在这五天里，每天斥候都马不停蹄地传来坏消息：“敌人已至屯山岭！”（九日）、“敌人已过宿星岭！”（十一日）“敌人前锋已抵达蓼川边！”（十二日）。
蓼川边就在南原城东南四十里，日军出现在这里，说明战斗已经一触即发。从南原的城头，杨元可以看到远处村落滚滚黑烟，那是日军一路烧杀抢掠的标记。南原城里已经挤满了军民，都是这几天从附近逃难进来的。这个时候的杨元，应该在心中掠过一丝念头：“干脆撤退吧。”
六千人对五万人，根本不成比例，很难守得住。可是南原和晋州不一样，晋州丢不丢无关大局，南原一丢，整个全罗道就没了。这个责任太大，杨元不敢承担。
唯一能让他稍微放心一点的，是朝鲜兵使李福男的到来。
李福男是一路从求礼溃退而来的，到了南原时身边只有五十多人。当时南原附近已经有许多日军小部队聚集，李福男毫无畏惧，大摇大摆地从敌人之间穿过去。日本人被这种大胆举动惊呆了，居然没前去阻拦，就这么让他进了南原城。
杨元对此十分佩服，拍着李福男肩膀说：“拥兵自保者，滔滔皆是。而公独以孤军赴之，南朝一李侍郎矣。”
八月十三日，日军主力抵达了蓼川边。仿佛为了炫耀兵威似的，他们摆列出了无比煊赫的阵势，拉开了两道阵线。第一道阵线由小西行长的第二军团组成，从防川由禅院一直穿过长城桥，围到南原西门；第二道阵线由岛津义弘、来岛通总、加藤嘉明的水师组成，从漆场截断河流，沿越川、栗场到大毋泉，与西门阵线连接到一处。日军把本阵设在了乡校山和麒麟山上，在城外四处建营，竖起大旗，号角连营，光是支起来的阵幕就连绵不断，层层叠叠。时人形容是“相续结阵，连延互回，月晕百匝”声势极其浩大。
这是刻意地炫耀武力，吃准了守军不敢出城。
杨元确实不敢出城，他正忙着分配了守城任务。他自己和李新芳守东门，千总蒋表守南门，毛承先守西门，朝鲜军战斗力偏弱，让他们守北门。杨元还接连下了数道命令，整肃军纪，明确号令，绝不让部队未战先乱。
到了十三日中午，五个日本人大摇大摆走到东门，站到东门石桥上仰起脖子，打算喊杨元来谈话。这些人是来劝降的，觉得两国交兵，怎么也不会斩来使吧？可他们万万没料到，杨元是存了拿他们祭旗的消息。
趁着这些人喊话的当儿，杨元带着几名朝鲜弓手偷偷摸出城去，冲着石桥一顿连射，当即射死三个人，另外两个人连滚带爬地逃了回去。
这一下子可把日军激怒了。很快大批日本兵呐喊而来，到了距离城墙百步远的地方，一边放枪一边大骂。忽然城头飞了几十个圆滚滚的黑影，落到地上还在嘶嘶作响。
“是震天雷！”
有日本老兵一声惨叫，随即这些铁疙瘩轰轰地都炸开了花，让日本人死亡惨重。
原来这是一种朝鲜自主开发的新式火器，与大明的霹雳弹类似，是用铁制容器承载火药与尖锐硬片，外接引线，通过大碗口铳发射，威力很大。早在壬辰之战的时候，朝鲜义军就用这东西吓唬过日本人。和谈期间，这种火器得到了大力发展，生产了数千枚，南原也分配到了不少。此时不用，更待何时。
日本人仓皇地撤退了，守军都松了一口气。杨元却怎么也放松不了心情，他久经战阵，知道日本人一定不会善罢甘休，晚上搞不好要夜袭。他下令在濠沟外多埋菱铁，又在桥头偷偷装好钉板，亲自守夜静待。
果然不出他的所料，到了二更天，三个日本兵偷偷摸摸地从石桥摸过来，一踏中钉板，立刻被埋伏好的明军几刀砍死。杨元知道大军肯定藏在后头，下令把四面吊桥都拉起来。桥刚拉起来，四面日军点着火把就冲了过来，一看桥断了，只得彻夜鼓噪，在南原附近到处放火，搞得百里内都能看得到烟火涨天。
到了八月十四日，日军经过一天的试探，开始动真格的了。他们欺负联军兵少，大摇大摆地在城外建造攻城器具，还运来了大批草谷木石，堆积在大毋泉附近，把壕沟填平，用木头挡在两侧，形成封锁。日军还搜罗了一大堆门板、床板，在上面挖出射击孔，下面装有支架，构成一个单兵射击掩体。
最开始遭到攻击的是南城。南城城外民户十分密集。在开战前，杨元已经派人把这些尽数焚毁，只剩下断垣残壁。但日军利用这些石壁做掩体不断射击，给联军造成了极大伤害。
很快焦点又转向东城。日军在东门城外建起来的高棚，这些高棚都比城头要高出一头，日军射手站在高棚上，有条不紊地向城内射击。联军试图拿火铳对轰，可惜射程上够不着，震天雷数量又有限，不得不从城头撤下来。大明架设在城头的火炮进行了有限的反击，可是日军队形太过疏散，效果不明显。
过了中午，西城又出事了。南原西门往外走两里路，有一座万福寺，寺里有四尊天王雕像。日本人占领了寺院以后，把这四尊雕像拖出来放到车上，拉到西城外去转悠，让联军士兵惊骇莫名。
杨元觉得上午士气已经跌了不少，下午如果再坐视敌人挑衅而无所作为的话，对士兵精神是个很大打击。他拒绝了部下的苦劝，带了一千人杀出西门，要把雕像抢回来。
这当然是日本人的诱敌之计，杨元的部队一过石桥，就被日军伏兵围住。要说辽东军人，就是能打。面临重重包围，他们毫无惧色，就像在碧蹄馆时一样，背靠背结成坚实的阵势，与日军展开对攻。这一场仗打到太阳落山才各自收兵，谁也没占到什么便宜。
八月十五日。小西行长派来了正式使者。杨元不好再玩杀使的手段，便在龙城馆内接见。使者转达了小西行长的问候，希望杨元早日撤出城去，大家都不致死伤太多。杨元回答：“我从十五岁从军打仗，横行天下从来没败过。如今这城里有精兵十万，足够守城。没有上头命令，我是断然不会弃城的。”愤然扯碎了日军的文书。
可惜这番话对日本人来说，根本起不到任何作用，小西行长早已经从沈惟敬那里了解到了南原的虚实。既然杨元不肯投降也不肯撤退，那么就打呗。这时候南原城大部分人已经意识到了身处绝境，士气低迷，四处可闻哭泣声。
十五日当晚，天空非常晴朗，月色如昼。位于城南的藤堂高虎找到胁坂安治，说今天晚上天色好，索性乘夜突袭吧，胁坂安治连连称是。
当时日军的围城态势是：宇喜多秀家亲自挂帅，主攻南门；小西行长主攻西门；毛利吉成主攻东门，只有北门没有配置攻城部队，但是第六军团的一部分水军众在北面埋伏，准备阻截逃兵。藤堂、胁坂把这事报告给主帅秀家，得到了秀家的热烈支持。监军太田一吉主动请缨，也率领本部兵马进行配合。
说来惭愧，宇喜多秀家自从领衔侵攻以来，自己还没取得过什么像样的战绩，南原是一个正名的好机会。
于是在经过了短暂的调整之后，日军从三面开始对南原展开最后的突袭。
藤堂军之前已经收集了无数杂草稻禾，做了无数大束，这时他们每人抱起几束，开始一层层往城下狂堆。这些大束很快堆出一个小山，先填平了壕沟，又堆的与羊马城高度平齐，可以非常方便地登上城楼。
俗话说，夏雨无常。偏偏就在攻城的紧要关头，原本晴朗的天空突然下起雨来。这突如其来的大雨让联军陷入窘境，他们既无法使用火器，也无法用火箭引燃草堆，只能用投石机进行反击。而日军则趁机加大了突袭力度，还安排了许多防雨的火枪手向城头射击，掩护突袭部队。
不计血本的投入很快产生了回报。藤堂高虎一马当先，踩着云梯踏上南原城头，夺得“一番乘”的荣誉。紧接着太田一吉的部队砸开了南门，日军大部队一涌而入，喊杀四起。
其他两面的防守原本就已经陷入苦战，一听到南城失陷，士气当即崩溃，先后被日军突破。
杨元当时正在城内少歇，忽然听到南城被突破，大为惊骇，知道已不可守，急忙换了一身传令官的衣服，光着脚带着十八个人匆匆离开府衙。在走之前，杨元派人去叫李福男一齐逃，李福男却拒绝了，他说我誓与此城共存亡，在官府内堆了许多柴薪，举火自尽。
杨元感叹不已，又去找接伴使郑期远，这是朝廷命官，不能丢弃。可是郑期远早吓得两股战战，从马上掉了来好几次，根本爬不上鞍子。杨元一看，得了，不跟你玩了，转身自己跑了。
城内最后的巷战非常惨烈，三面围过来的日军大肆屠杀。全城军民惊慌失措，都聚集在暂时没有敌人的北城。明军纷纷跨上坐骑，想从北门突破，可是北门关得太死，一时之间不好打开，后头的人已经挤了过来，当场有许多人丧命在马蹄之上。
好不容易北门开了，这些溃兵一涌出去，希望能逃得一条性命。在这时候，大雨停了，月亮重新从云里出现。这对于逃兵来说，绝对不是个好消息。早已埋伏好的日军借着月光一顿砍杀，一时间鲜血乱飞，惨叫四起。明军将领李新芳、蒋表、毛承先和朝鲜将领金敬老、吴应井等人都死于乱军之中。军民死伤更是不计其数。鲜血让日本人的兽性暴露得极其明显，他们根本没打算收容战俘，基本上逮着一个杀一个。
在混乱中，有五、六百人的联军冲破了北门的封锁，试图向山中逃去。谁料到岛津义弘已经算准了，率主力予以截杀，杀死了四百多人。
当时有一个叫金孝义的朝鲜军人，本来负责守南城，南城被突破以后他逃到北门，正好遭遇了埋伏。他急中生智，藏身在水田之中，这才得以幸免。他的供述，成为南原城攻防战的第一手细节，里面提及了大量日军攻城的手段，对于联军来说，弥足珍贵。
而此时的统帅杨元，正在西门奋战。
杨元对于这个结局，早有了预感。他凭借丰富的经验，知道敌人一定在北门埋伏了重兵，所以一开始就存了走西门的准备。日军的注意力此时全都在北门，西门反而防守薄弱，被他和亲兵们一下子冲到了城外。
在城外，日军已经挖好了数条壕沟，他们没有菱角、鹿角之类的专业阻骑设备，就找到许多木桩、丢弃的刀剑埋在壕沟里，用来阻截逃跑的骑兵。
但这难不倒杨元。他是辽东将领，骑术了得，随身牵着四、五匹训练有素的战马，随时换乘。这些马匹一听唿哨就散开，以避弓矢铁跑，再一唿哨就聚到一齐，十分灵活。到了壕沟之前，杨元先让一匹马跑过去，踏到利刃倒地，再鞭打着下一匹踩着前者尸体继续前进。
至于日军在远处用铁炮狙击，这也难不倒杨元。史书上说他“被甲腾换，有如易席，贼终不能害之。”不能不赞叹，一个人在逃生时迸发出了多么大的战斗力。
凭借着这种血腥马戏团式的方式，杨元很快就突破了封锁，逃出生天。他沿着大陆先逃到凤山，再绕到恩肆馆。一清点人数，跟在他身后不过一百十七人而已。而根据事后大明的统计，是役明军伤亡的准确数字是二千七百名，马匹损失三千四百匹——这一次，是货真价实的“仅以身免”了。
而此时陈愚衷到底在做什么？
南原先后派了两次求救信使抵达全州，第一次陈愚衷的回答是：“敌情难测，恐怕顾此失彼”，第二次又回答：“信地难离。”死活不肯发兵。等到他第三次听到消息的时候，日军已然攻陷南原。
陈愚衷此时慌了手脚，他再一打探，更是惊骇无极。
原来日军左路军在攻克南原以后，留下一部向南扫荡，其余主力一齐北向，和在黄石城的右路军呈钳形攻势，逼进全州。换句话说，陈愚衷即将面临的敌人，大约有十万之众。这个消息，让全州里的居民惊慌失措，纷纷出逃。守军本欲阻止，反而被这些急于活命的乱民冲散，拆毁了城门，一哄而散。
八月十七日，左路军前锋小西行长军至任实，右路军前锋加藤清正进入云峰。两路倭寇合兵一处，在八月十九日抵达全州城下。
陈愚衷二话没说，点齐了兵马就要撤退。当地朝鲜官员拉着他的缰绳，气得大叫：“早知今日，何必当初。”
原来这位大将抵达全州以后，发现城里没粮食，粮食都藏在全州城外十里的山寨里。当时朝鲜军的战斗力太差，一遭遇日军就会溃散，所以守官干脆不把物资存在城中，省得便宜了日本人。陈愚衷抵达之后，强行命令把这些东西搬回城里，谁说也不听。现在好了，全便宜了日本人。
陈愚衷一路北遁，一直逃到公州，才跟前来接应的明军游击牛伯英碰上头，两人呆在公州不敢动弹，静等援军。
最后说说杨元和陈愚衷的结局。
杨元在南原突城逃出的时候身中两枪，刀伤数处，直接被人抬回了汉城。在汉城，朝鲜国王李昖搀着他的胳膊呜呜哭泣，说将军你为朝鲜辛苦了。朝鲜国王李昖对杨元一直很有好感，他还记得，在壬辰战争期间，辽东军将领对朝鲜人都不友善，只有杨元态度还算和蔼，经常居中调停。
可惜杨元伤势不轻，已经无力统军，很快便在朝鲜君臣的惜别声中被送回了国。他万万没料到，等待他的，却是一场灭顶之灾。朝廷宣布以“弃城脱逃”的罪名，给他下了大狱。
说实话，杨元真冤。
南原是一场惨败，但这场惨败的根源，是战略部署上的失误，主要责任要归咎于明军高层未能及时判明日军动向，导致让杨元的三千人要面对五万日军——这仗换谁来打，都是同样的结局。更何况杨元并未一开始就弃城而去，而是认认真硬抗了三天，给后续明军争取来了宝贵的时间。虽然他最终弃城而走，那也是血战之后的不得以。
真正该死的是陈愚衷。他第一条罪状罔顾南原战局不及时上报，导致明军反应迟缓；第二条罪状踟蹰不前，不主动策应杨元。虽然他的兵力也只有两千，但只要稍微在外围有所活动，日军必不会把全部压力加在南原；第三条罪状是毫无作为不战而逃，弃全州不说，还把大量物资留给敌人。
一个是败将，一个是逃将。一个是能力问题，一个是态度问题，谁更该死一目了然。
但明军对这两个人是如何处置的呢？
对陈愚衷的惩罚是，打一百军棍，免死充军。
对杨元，先是拿下，关了一年多，然后跟沈惟敬一齐处死。
这种厚此薄彼的处置，十分蹊跷。且不说杨、陈二人的功过清清楚楚，毋庸置疑，就算杨元对南原惨负全责，也不至于要判到弃市这么严重。要知道，同为辽东军背景的祖承训当初在平壤城打的那么惨，都没受多大惩罚。杨元在辽东军地位比祖承训要高得多，怎么判决却如此之重？
对这种不对等待遇，朝鲜人也觉得莫名其妙。他们认为“杨总兵血战孤城，兵单援绝，则南原之败，势所然也。陈游击愚衷，拥师全城，坐视不救，则其罪固大矣。愚衷尚保首领，则总兵先就极刑，人莫不惜之。”
杨元之死，我猜测可能有三点原因：
第一点是党争之祸。蔚山之战后，军前赞画丁应泰弹劾率先逃跑的杨镐“丧师党欺”，把他和麻贵、邢玠乃至身后的大学士张位、沈一贯等人连到一起要追究责任。在这种情况之下，杨镐和麻、邢等人必须要把责任往外分，摘出去一点是一点。所以我们查阅史料时能看到，南原之战在万历二十五年八月打完，一直到万历二十六五月，兵部才正式提出处置杨元。关于杨元的责任追究，都是在杨镐被弹之后才纷纷冒出头来。
这个切割责任的运动是很有效果的。我们看到，在战后议论功罪的时候，麻贵因为稷山、青山、岛山的功绩而“免议”，杨镐也因为单骑入汉城，得了个“功亦难泯”的考语，没受多大罪，没人追究他们南原惨败的责任，这帽子自然而然就得扣到了杨元的头上。
第二点是政治影响。对大明来说，南原失守比全州失守更加难堪。全州影响的不过是朝鲜三道战局，南原却波及到了整个大明沿海的防务。南原一失，全罗南部沿海不保。至此日军可以从全罗道直入黄海，袭扰天津、山东、浙江等处，航程大大缩短。
所以在得到南原失守的消息以后，北京大为震惊，立刻下令让沿海各地修备军务，调集水师陆营加强巡防，防备敌人跨越黄海打过来——差不多半个东亚都因为南原这座小城的失陷而骚动不安。可见南原失守在政治上的影响非常恶劣，必须得有人出来背这个责任。
弃城而逃的杨元毫无疑问是最好的人选，他是直接责任人。再说，南原明军实打实地损失了三千人，伤亡如此惨重，在朝鲜战场还是第一次。不管杨元有多少苦衷，于法于理，杀他都说得过去。
第三点原因，是辽东军奇特的沉默。
让人不禁想起来，当年祖承训大败之后，李如松出面维护，最后朝廷只轻轻打了一下板子。杨元在辽东军的地位很高，这一次怎么辽东军不说话了呢？
李如松离开朝鲜已经很久，朝廷不必顾忌他的面子，反而可以借机削减辽东军的势力。麻贵是宣大系统出身，不会出言相保；邢玠、杨镐等人虽然跟辽东军关系不错，但让做顺水人情可以，下死力捞人可是强人所难——何况他们还得指望杨元帮他们承担责任。
结果在这三点原因的相互作用下，杨元稀里糊涂地被下狱弃市，与他亲手抓获的沈惟敬同时问斩。沈惟敬这一手报复，总算是见到了效果。
时间回到万历二十一年，《平壤续志》里记载：平壤之战结束之后。为了感谢李如松及麾下健将的光复之功，朝鲜派了一名叫李臣钦的画手，要为石星、李如松、杨元、李如柏、张世爵五个人画像，置于武烈生祠中四时祭拜。
李臣钦前往明军军营，说明来意。明军将领都挺高兴，李如松头一个画，他摆了个威猛姿势，用手在下巴做捋髯状，提醒李臣钦说：“我这人胡子短，面相太和善了，不够威猛，你记得给我多加点虬髯上去。”李臣钦点头称好。
等轮到杨元坐过来的时候，李臣钦抬头一看，不由发一声赞。杨元天生一副络腮胡，胡髯从鼻下开始，一路斜上脸侧，直到耳后再折下来，绕一圈到下颌处止，两边都是如此，煞是好看。杨元的儿子恰好在侧，偷偷跟李臣钦说：“我爹这个面相，有人说是贵不可言，有人说是凶不可测，都不知道该听谁的好。”
南原之战后，朝鲜人想起这段事迹，都纷纷感叹说想不到这一部好胡须的征兆，居然应在了南原。朝鲜国王特意下旨，为杨元在平壤设了牌位祭祀，总算让这位辽东大将不至魂无所依。